自己負担はいくら？補助金「手出し」の正しい計算方法：補助率・上限・対象外経費の落とし穴を完全解説
結論：補助金は「100%もらえる」わけではない
結論から言うと、補助金の自己負担（手出し）は「補助率だけ」で決まりません。対象経費（多くは税抜）×補助率→上限で頭打ち→税込総額から差し引きが基本です。さらに対象外・消費税・入金までの立替で、想定より重くなることもあります。
まず押さえる最短式（概算）
- 補助金見込み＝対象経費（原則税抜）×補助率（ただし上限で頭打ち）
- 最終自己負担（着地）＝税込総額 − 補助金見込み
- 一時自己負担（立替ピーク）＝入金までに出ていく最大キャッシュ（支払スケジュール次第）
「補助率2/3だから3割負担」の思い込みは、資金繰りの穴にズルッとはまる原因になりがちです。ここから、事故らない計算手順を順番に整理します。
知らないと事故る！自己負担が想定以上に膨らむ「4つの壁」
名目の補助率どおりに軽くなると思った瞬間、現場では4つの壁が立ちはだかります。どれも“計算の前提”を揺らす要因で、見積や申請の時点で織り込めるかが勝負です。先に壁を知るだけで、自己負担額のブレがぐっと減ります。
対象経費の壁｜見積書にある「補助対象外」の見落とし
事実として、見積書には事業に必要でも対象外になりやすい項目が混ざります。たとえば送料、設置・撤去費、振込手数料、汎用PC、保守料など。制度や機関（事務局）の認定ルール次第で線引きが変わるため、「全部対象で計算」すると自己負担が膨らみます。
対策（安全側の考え方）
- まず“怪しい項目”を対象外リスク枠として別建て
- 明細を「本体」「役務」「付帯費」に分け、対象判定をしやすくする
- 申請前に公募要領やFAQで“対象外になりやすい例”を確認する
消費税の壁｜「10%の消費税」がそのまま手出しになる衝撃
一般論として、補助金の算定は税抜ベースで進むことが多い一方、支払いは税込で発生します。すると、支給（入金）対象になりにくい消費税分が自己負担として残り、数字がドンと重く見えます。反論として「消費税は還付があるのでは？」もありますが、事業形態や課税区分で事情が変わるため、まずは安全側に“手出し”として見積もるのが無難でしょう。
タイミングの壁｜精算払いによる「10割立替」の空白期間
補助金は原則として後払い（精算払い）です。交付決定→発注→支払→実績報告→確定→入金、の流れで時間がかかり、その間は自社キャッシュで立て替えます。ここを見落とすと「最終負担は軽いのに、途中で資金が尽きる」という本末転倒が起きます。
事務手間の壁｜差し戻し・減額による着地ブレ
実績報告での証憑不備、要件の取り違え、書類の不足などにより、補助額が減額されることがあります。つまり、計算上は合っていても“認定されない”と着地がズレます。面倒に見えても、最初から「必要書類」「交付」「実績」の要点を押さえるのが、結果的に最短です。
経営者が把握すべき「3種類の自己負担」を定義する
自己負担が想定より大きくなる原因の多くは、「どこまでが補助されるか」を誤解したまま計算してしまうことにあります。
👉 補助金のよくある誤解Q&A20
自己負担という言葉は1つですが、実務では3種類に分けないと判断がブレます。特に経営者は「投資の実質コスト」、経理担当は「支払と証憑で確定する金額」、初めて層は「制度の前提」を見ています。ここを揃えると、計算と意思決定がスッと噛み合います。
最終自己負担（着地）｜補助金が入った後も残る「実質コスト」
投資が最終的にいくらで済んだか、という“着地”です。ROI（投資回収）や採算判断、社内稟議の結論は基本的にこの数字で行います。ポイントは「総額」から「見込み補助額」を引くとき、対象外や税のズレを織り込むことです。
一時自己負担（立替ピーク）｜入金までに必要な「最大キャッシュ」
資金ショート回避のための数字です。補助金は支給が後なので、途中で“通帳から出ていく最大額”が発生します。分割払いや着手金の有無でピークは変わるため、支払条件の確認が必要になります。
想定自己負担（申請前概算）｜不確定要素を見込んだ「安全側の予算」
申請前は対象判定が確定しません。そこで「対象外リスク枠」「端数」「税のズレ」をあらかじめ上乗せした概算を作ります。銀行相談や社内説明では、この安全側の数字が効きます。
3ステップ計算術｜見積書を見ながらその場で「手出し」を出す
計算方法そのものは難しくありません。肝は順番です。まず税込の総額から始め、次に対象外リスクを分け、対象経費（原則税抜）に補助率を掛け、最後に上限で頭打ちさせて差し引きます。この流れを守れば、制度が違っても応用できます。
ステップ1｜総事業費（税込）から「対象外っぽい項目」を抜き出す
取得方法：見積書の合計（税込）と明細を確認します。
「送料」「手数料」「保守」「設置・撤去」「汎用的な備品」など、対象外になりやすい語をチェックして別枠にします。迷う項目は“対象外リスク枠”へ。ここで背伸びすると、後で痛い目を見ます。
ステップ2｜対象経費（税抜）に補助率を掛け、上限で頭打ちさせる
計算式：
- まず対象経費（原則税抜）を作る
- 補助額（計算上）＝対象経費 × 補助率
- 補助額（見込み）＝min（補助額（計算上）, 補助上限）
※補助率は「対象経費」にしか掛かりません。総額に掛けるとズレます。
ステップ3｜「税込総額 − 補助金見込み」で実質負担を確定する
結果の出し方：
最終自己負担（着地）＝税込総額 − 補助金見込み
ここで“税込総額”を起点にするのがコツです。支払（出金）は税込で起きるからです。
例：見積書から3分で概算（取得方法→計算式→結果）
取得方法（見積書から拾う）
- 税込総額：5,500,000円
- 対象外リスク枠（税込）：550,000円（送料・保守など想定）
- 対象経費（税抜の想定）：4,500,000円
- 補助率：2/3、上限：2,000,000円
計算式
- 補助額（計算上）＝4,500,000 × 2/3 ＝ 3,000,000円
- 補助金見込み＝min（3,000,000, 2,000,000）＝2,000,000円
- 最終自己負担（着地）＝5,500,000 − 2,000,000 ＝ 3,500,000円
結果（読み方）
名目補助率2/3でも、上限に当たると“手出し”は大きくなります。ここが落とし穴です。
図解で理解｜「名目補助率」と「実質負担」がズレる典型パターン
名目補助率はパンフの“見栄え”の数字で、実質負担は会社の現実です。ズレが出る典型は2つあります。上限に当たるか、税抜・対象外で母数が縮むか。ここを可視化すると、社長への説明も、社内の合意形成も一気にラクになります。
パターン1｜上限到達で実質補助率が「30%」まで急落するケース
一般的見解として、高額投資ほど上限の影響が強くなります。投資額を増やしても補助額が増えないラインを超えると、追加分は全額自己負担です。反論として「投資額を抑えればいい」もありますが、必要な設備・ITは削れません。だからこそ上限到達ラインを先に計算して、資金計画を守ります。
パターン2｜「税込・税抜」のズレで想定より10%高くなる理由
事実として、支払いは税込、補助算定は税抜が基本になりやすいので、差額が自己負担に見えます。
- 取得方法：見積書の税込と税抜を確認
- 計算式：差額＝税込 − 税抜（＝概ね消費税）
- 結果：数千万円規模だと差額も数百万円になり、心理的に“ガツン”と効きます
不確実なら、まず差額を自己負担に入れておくのが安全です。
実務の落とし穴｜計算は合っていても「減額」される地雷費目
計算自体が合っていても、実績報告で減額されれば自己負担は増えます。原因は「実支払との差」「按分」「順番ミス」が多いです。ここは精神論ではなく、書類とルールの話。逆に言えば、先に潰せばかなり防げます。
値引き・ポイント・クーポン｜実支払額との差に注意
制度運用として、補助対象の金額は「実際に支払った費用」を基準にされやすいです。値引きが入れば、その分補助額も下がります。
- 取得方法：請求書・領収書で実支払を確定
- 計算式：補助対象＝実支払（条件により）
- 結果：想定より補助金が減り、自己負担額が増える
「お得に買えたからOK」と思うと、補助計算では逆に減ることがあります。
按分計算｜社内利用や私用が混ざるときの注意点
共用設備や複数事業で使うITツールなどは、使用割合で按分が必要になる場合があります。
- 取得方法：利用範囲・利用部門・稼働割合を整理
- 計算式：補助対象＝費用 × 事業利用割合
- 結果：按分された分は自己負担になる
「一部でも対象になればOK」ではなく、筋の通る説明が必要です。
交付決定前の支払い｜順番ミスで「補助金ゼロ（10割負担）」に
ここは最重要です。交付決定前に契約・発注・支払をしてしまうと、対象外になるリスクが跳ね上がります。反論として「急ぎの案件だから先に払った」は現場ではよくありますが、制度は待ってくれません。怖い話ですが、ここを守るだけで事故は激減します。
制度別ミニケース｜経産省系 ＋ 東京都創業助成金の「癖」を掴む
同じ自己負担計算でも、制度ごとに“引っかかりポイント”が違います。経産省系は項目単位の対象判定が肝で、東京都創業助成金は期間・開始日の管理が肝になりやすい。代表例を知るだけで、あなたの申請・支援計画がブレにくくなります。
経産省系（ものづくり・IT導入等）｜項目ごとの「対象・非対象」判定
ものづくり補助金、IT導入補助金、小規模事業者持続化補助金などでは、明細の粒度が勝負です。設置費、保守料、ライセンス期間などが混ざると対象外になりやすく、自己負担が増えます。見積の段階で項目分けし、対象判定しやすい書き方に寄せるのが実務的です。
東京都創業助成金｜「交付決定後」の期間管理と区分
創業助成金は、対象期間の考え方や開始日の扱いで、支出が対象外化し得ます。たとえば「交付決定後のみ対象」というルールを踏み外すと、計算以前にアウトになり、自己負担が10割になる恐れも。タイムラインを紙に描いて管理すると、意外とミスが減ります。
実務ツール｜自己負担計算ワークシート ＆ 銀行説明用メモ
記事を読んで終わりではなく、明日から使える“持ち帰り”があると判断が進みます。ここでは、見積書を見ながら埋めるワークシートと、銀行・社内向けに資金繰りを説明するメモの型を示します。サクッと形にして、次のアクションへ進みましょう。
見積書を見て赤ペンで埋める「自己負担概算ワークシート」
以下の項目を1枚にまとめます（紙でもExcelでもOK）。
- 税込総額（見積合計）
- 対象外リスク枠（税込）
- 対象経費（税抜の想定）
- 補助率・上限
- 補助金見込み（上限反映後）
- 最終自己負担（着地）
- 立替ピーク（最大持ち出し）と入金見込み時期
「対象」「対象外」を完全に断定できなくても、リスク枠を置けば概算は出せます。ここが強い。
銀行・社内説明にそのまま使える「資金繰り意思決定メモ」
メモは文章より、数字の箇条書きが効きます。
- いつ：交付決定見込み、発注・支払の時期、実績報告、入金見込み
- いくら：支払総額、補助金見込み、自己負担額、立替ピーク
- どう埋める：自己資金、融資、つなぎ資金、支払回数の調整案
この3点が揃うと、金融機関との会話が“ふわっ”とせず現実的になります。
まとめ：正しい計算で「投資してもキャッシュが回る」確信を持とう
補助金は得をする制度でもありますが、それ以上に「使っても会社が倒れない」ことが大切です。名目補助率ではなく、対象経費・上限・対象外・税・立替まで含めて自己負担を見積もれば、申請も投資判断も怖くありません。未来の成長に向けて、一歩を踏み出していきましょう。
今日やること（3つ）
- 見積書の税込総額と明細を整理する
- 対象外リスク枠を置いて、補助金見込みと自己負担額を計算する
- 支払スケジュールから立替ピークを概算し、必要なら融資相談を前倒す
「なんだ、こういうことか」と腹落ちしたら勝ちです。迷いが消えれば、意思決定は速くなります。
